Το ιερό του Δελφινίου Aπόλλωνα (ο σημαντικότερος ναός της Μιλήτου) χτίστηκε τον 6ο αι. π.X. στην περιοχή του λιμανιού και αποτελούσε το σημείο από όπου ξεκινούσε η ετήσια ιερή πομπή με προορισμό το ναό του θεού στα Δίδυμα.

Το «Δελφίνιο» ήταν αφιερωμένο στον Aπόλλωνα, προστάτη των ναυτικών και των πλοίων.

Στα Ρωμαϊκά χρόνια ένας κυκλικός μονόπτερος ναός με κωνική στέγη χτίστηκε στο κέντρο του ιερού.